镇雄县全县土壤为石灰岩、砂岩、泥质页岩和玄武岩等母岩发育而形成的黄壤、黄棕壤、紫色土和石灰性土。黄壤居多，分布广，占土壤总面积的50.2%，垂直分布规律为：黄棕壤海拔1800-2400m，黄壤海拔630-2100m，紫色土和石灰土为岩性土，在境内从高至低海拔均有分布。

境内除以拉、黄连、付家寨等极少部分原始次生林外，均属几经天然演替的次生林和人工改造的幼林及零星分布的单一树种。县内植被分布的地域性不明显，可划分为暖温性针叶林、常绿阔叶林、落叶阔叶林、稀树灌木草丛、灌丛、人工林 6 个主要植被类型。

东部、北部赤水河、白水江河谷地区属温暖河谷地区，主要包括海拔 1 000 米以下沿岸，面积 1.01 万公顷，占全县面积 2.8%，主要分布常绿阔叶林，少量分布落叶阔叶林和常绿针叶混交林。主要树种有柑橘、油桐、油茶、楠竹、慈竹、蚕桑、花椒、酸枣、核桃、杨树、槐树、檫木等。

中南、东部丘陵台地、山谷二半山地区属温和一般山区及部分温凉阴温地区 , 主要包括海拔1 000～1 800 米地区，常见树种为桦树、小叶杨、毛白杨、滇杨、泡桐、木冬瓜（攀枝树）、杜仲、杉木、云南松、华山松、核桃、板栗、漆树、柿、桃、李、樱桃、花红、苹果、花楸、竹类等。灌木以杜鹃、毛栗、冬青、女贞、杨梅、山茶、悬沟子棠梨、山胡椒、马桑等最为广见，面积 28.15 万公顷，占全县面积的 76.4%。

西南、中部高山地区属于部分温凉阴湿地区、高寒山区，主要包括海拔 1 800 米以上地区，面积 7.71 万公顷，占全县总面积 20.8%。以阔叶林和常绿针叶混交林类型为主。常见树种有青杠、大叶杨、猪棕子、栎类、杉木、华山松等。灌木草丛有杜鹃、杨梅、山茶、红子刺和野韭菜、熟地草、蕨类等。以拉、黄连两大林区，树林种类最为齐全，是全县树种群集之地。草类及地瓜（地果），覆盖于土壤之上，形成天然护土植物。此区因海拔较高，气候冷凉，阴雨多、日照少，树木常遭受冰冻自然灾害。

全境海拔高差、复杂地理环境、多类型土壤构成、特殊气候等因素，给境内植物繁衍、培育和壮大提供条件。野生植物除重点集中在以拉和袁家湾两个市级自然保护区外，30 个乡镇、街道不同程度均有分布。海拔 1 000 米以下河谷地区，植被以稀灌丛及柑橘为主。海拔 1 000～1 500 米属农业生产主要地带。海拔630 米以上区域发育着典型暖性阔叶林和暖性针叶林。

境内植物种类丰富，主要有木本植物银杏、华山松、云南松、红豆杉等 270 余种。国家一级保护植物有南方红豆杉、珙桐（鸽子树）等；国家二级保护植物有鹅掌楸、香果树、厚朴、水青树、野茶树、椴木、杜仲、榉树、红楝子、刺楸等；国家三级保护植物有润楠、长梗润楠、筇竹（罗汉竹）。省级保护植物有滇润楠。草本植物有一扫光、一枝蒿、一枝黄花、八角香等药用及其他类近 150 种。藤本植物有木通、八月瓜、三叶木通等 30 余种。